Historia krakowskiej IPH sięga XIX wieku. 14 listopada 1850 w domu władz rządowych przy kościele św. Piotra przy ulicy Grodzkiej 52 odbyło się pierwsze, konstytucyjne posiedzenie Izby Handlowej i Przemysłowej. Pierwszym prezesem został wybrany Wincenty Kirchmajer.
W pierwszym okresie działalność Izby obejmowała rzemiosło, drobny i większy przemysł oraz handel. Po upadku Austro-Węgier Izba przeszła pod zwierzchnictwo Polskiej Komisji Likwidacyjnej, a następnie została przejęta przez polskie Ministerstwo Przemysłu i Handlu. Izba wielokrotnie zmieniala swą siedzibę.
Dopiero w 1906 r., na wykupionym wcześniej placu przy zbiegu ulic Długiej i Basztowej, wybudowała własny budynek - istniejący do dziś dom "Pod Globusem", który na długie lata był siedzibą Izby.
15 lipca 1927 r. ukazało się "Rozporządzenie Prezydenta Rzeczpospolitej o izbach przemysłowych i handlowych", w myśl którego stały się one instytucjami samorządu gospodarczego i organizacjami publicznoprawnymi podlegającymi Ministrowi Przemysłu i Handlu. W 1928 r krakowska Izba zmieniła nazwę na Izba Przemysłowo - Handlowa w Krakowie. IPH w Krakowie działała nieprzerwanie aż do września 1941 roku.
Izba została reaktywowana po wyzwoleniu w 1945, jednak w nowych warunkach ustrojowych nie mogła kontynuować swej działalności. W 1950 wszystkie izby zostały zlikwidowane na mocy zarządzenia przewodniczącego Państwowej Komisji Planowania Gospodarczego, powołującego jednocześnie Centralny Urząd Drobnej Wytwórczości.
W wyniku transformacji ustrojowej, która nastąpiła w 1989 samorządy gospodarcze zaczęły się odradzać. Na mocy ustawy z dnia 30 maja 1989 powstały w Krakowie dwie liczące się instytucje: Małopolska Izba Gospodarcza, powołana 21 września 1990, oraz Krakowska Izba Przemysłowo - Handlowa powstała 11 grudnia 1989. W niedługim czasie obie Izby postanowiły się połączyć w jeden, silny samorząd. W wyniku połączenia powstała w dniu 6 lutego 1992 Izba Przemysłowo - Handlowa w Krakowie, a pierwszym jej prezydentem został wybrany Edward Nowak.
W latach 1992 – 2001 Prezydentem IPH był Tomasz Szczypiński, od roku 2001 do kwietnia 2017 funkcję tę sprawował Andrzej Zdebski. Od kwietnia 2017 roku prezydentem IPH jest Sebastian Chwedeczko.
