Izba Przemysłowo-Handlowa w Krakowie jest organizacją samorządu gospodarczego. Jej najważniejszym organem jest Walne Zgromadzenie, które jest zwoływane w trybie zwyczajnym w terminie do 31 marca każdego roku. Pozostałymi organami są: Rada IPH, Komisja Rewizyjna, Sąd Honorowy oraz Prezydium Rady.
Dyrektor IPH podlega Prezydium Rady IPH i jest zwierzchnikiem Kierowników trzech podległych mu wydziałów:
- Wydziału Współpracy z UE i Szkoleń, w ramach którego działa ośrodek informacyjno-doradczy ENTERPRISE EUROPE NETWORK
- Wydziału Komunikacji i Przedsiębiorczości
- Wydziału Finansowo – Administracyjnego.
oraz Oddziału w Olkuszu.
